O północy z 15 na 16 lipca 1801 roku podpisany został „régime concordataire de 1801” czyli konkordat między I Republiką Francuską a Stolicą Apostolską. Sama idea konkordatów czyli regulacji stosunków państwowo-kościelnych na gruncie umów międzynarodowych sięga XII w., ale ten konkretny powstał w specyficznych warunkach i miał bardzo specyficzny charakter. Bardzo dla papiestwa niezadowalający.

Rewolucja przeorała życie religijne we Francji, konfiskując dobra kościelne i ustanawiając dla kleru przysięgę lojalności wobec państwa. Antyrepublikańskie poglądy wielu przedstawicieli kościoła wywoływały nastroje antyreligijne i fale przemocy. Rewolucja jednak nie była antyreligijna od początku, aczkolwiek była przeciwna przywilejom duchowieństwa, które było za ancien régime’u pierwszym stanem, powyżej nawet szlachty/arystokracji (stan drugi). Przywileje obu stanów zostały zniesione, a w 1790 r. ogłoszono Constitution civile du clergé (konstytucję cywilną kleru) czyli dekret dotyczący księży świeckich i ich stosunku do państwa i „kościoła konstytucyjnego”. Król Ludwik XVI podpisał ten dokument, bo trochę nie miał wyjścia, ale papież dekret potępił, m.in. za robienie z księży urzędników państwowych. Nie akceptował też wyboru biskupów przez wiernych diecezji.

W związku z tym najpoważniejszym polityczno-okołoreligijnym problemem, z jakim borykała się Republika po przewrocie termidoriańskim, obaleniu Robespierre’a i zakończeniu terroru, był podział w łonie francuskiego kościoła katolickiego na kler „konstytucyjny” i „réfractaire” czyli odmawiający złożenia państwowej przysięgi. W roku 1795 Konwent Narodowy wycofał wszelkie subwencje nawet dla „republikańskiego” kościoła, osłabiając w ten sposób jego wpływ, a drugi, tradycyjny odłam był coraz mocniej utożsamiany, w dużej mierze słusznie, z ultrarojalistami.

Na dodatek do wszystkiego, było już dość oczywiste, że Republika, promując wolność od religii, tworzy własne parareligijne formy budowania więzów społecznych: kult Istoty Najwyższej, Fêtes de la Fédération, sadzenie „drzew wolności” (arbres de la liberté). Te ostatnie zresztą padały ofiarą rojalistów, a potem i Restauracji niczym pogańskie święte drzewa, co świadczy o ich bardzo mocnej sakralizacji. Jednocześnie popularne przywiązanie do tradycyjnej religii było bardzo mocne, zwłaszcza wśród warstw najniższych – oraz konserwatywnych wyższych.

Kiedy zatem w listopadzie 1799 roku Napoleon Bonaparte obejmował władzę (na razie wraz z dwoma innymi konsulami) w ramach przewrotu, który obalił dyrektoriat, w jego programie zgody narodowej musiała pojawić się kwestia religii. Bonaparte był człowiekiem praktycznym i pragmatycznym, religię zasadniczo uważał przede wszystkim za element stabilizujący społeczeństwo, toteż uważał, że oddanie jej ludziom będzie istotnym elementem odbudowy państwa i społeczeństwa po dziesięciu latach rewolucyjnych niepokojów i chaosu. Nie zamierzał jednak wracać do stanu sprzed rewolucji, ba, pod pewnymi względami zamierzał pójść jeszcze dalej.

Konkordat roku 1801 (a raczej 26 messidora roku IX) został podpisany ze strony francuskiej przez najstarszego z braci Bonaparte, Józefa, i ministra spraw wewnętrznych Emmanuela Créteta, a ze strony papieskiej przez sekretarza stanu kardynała Ercole Consalviego. Był on dla papiestwa bardzo niekorzystny i Pius VII nie był zadowolony z obrotu spraw. Wprawdzie kanoniczna część inwestytury wróciła do papieża, ale państwo francuskie zachowywało prawo nominacji biskupów, duchowni nadal byli zobowiązani do składania przysięgi lojalności wobec państwa, a księża musieli dołączać do modlitw tę za pomyślność Republiki (jak dawniej za króla).

I jeszcze dwie najważniejsze sprawy. Konkordat ze Stolicą Apostolską regulował kwestie kościoła katolickiego, ale tym, czym Pierwszy Konsul Bonaparte poszedł dalej była regulacja stosunku państwa do religii mniejszościowych. W praktyce oznaczało to wprowadzenie pełnej wolności religijnej i równouprawnienie wszystkich wyznań i religii (odpowiednie dokumenty zostały podpisane dla wyznań protestanckich w roku 1802 – więcej tutaj, a dla judaizmu w 1808 – o tym kiedyś napiszę). W konsekwencji wolność religijna stała się też jednym z niezbywalnych elementów konstytucji napoleońskich w krajach satelickich Cesarstwa Francuskiego. W samej Francji stronie kościelnej nie udało się przeforsować katolicyzmu jako religii państwowej, konkordat stwierdzał jedynie, że jest to religia większościowa, co nie miało żadnych skutków praktycznych poza proporcjami finansowania. Co więcej, sama idea religii większościowej sprawiała, że jeśli na danym terytorium większość posiadało inne wyznanie, to ono zyskiwało taki status, a finanse liczono wszędzie proporcjonalnie do liczby wyznawców.

Drugim niezwykle ważnym elementem tej reformy funkcjonowania religii i kościołów we Francji były tzw. artykuły organiczne („prawo 18 germinala roku X” czyli 8 kwietnia 1802). O ile konkordat był bilateralny i regulował kwestie ogólne, o tyle artykuły organiczne były dokumentem państwowym, wewnętrznym i zawierały szczegółowe zasady sprawowania kultu oraz detale stosunku państwa do papiestwa. Stanowiły np. że papież nie może odwoływać władców ani zwalniać obywateli z lojalności wobec państwa, że decyzje rad ekumenicznych są ważniejsze od papieskich, że papież ma obowiązek szanować lokalne zwyczaje i że nie jest nieomylny. Ba, nawet rozpowszechnianie papieskich dokumentów, włącznie z bullami, musiało być zatwierdzanie przez odpowiednie ministerstwo, podobnie jak programy studiów w seminariach duchownych. Do państwa należały także decyzje o budowie nowych kościołów i kaplic. Artykuły wprowadzały też jasną hierarchię kleru – na wzór urzędniczej. Wśród tych ściśle praktycznych artykułów organicznych jedna regulacja zasługuje na szczególną uwagę:

Żadna ceremonia religijna nie będzie miała miejsca poza budynkami poświęconymi dla kultu katolickiego w tych miastach, gdzie istnieją świątynie przeznaczone dla innych kultów.

Art. 45

Summa summarum konkordat wraz z artykułami organicznymi czynił francuski kościół bardzo mało zależnym od papiestwa, mimo że formalnie z nim nie zrywał. Legat papieski usiłował nawet oprotestować artykuły organiczne jako niezgodne z konkordatem, ale nic z tego nie wyszło. Pius VII ponoć miał nadzieję, że sytuacja się zmieni, kiedy on sam przyjedzie do Paryża na koronację Napoleona w 1804 roku, ale też nic nie uzyskał. Ba, od 1806 r. stosunki Cesarstwa z Państwem Papieskim tylko się pogarszały, ale o tym i o jeszcze bardziej niekorzystnym dla kościoła „konkordacie” z roku 1813 kiedyś osobno.

Warto też dodać, że konkordat i artykuły organiczne odwoływały się do Déclaration des Quatre articles czyli dokumentu z roku 1682, panowania Ludwika XIV, autorstwa Jacques’a Bossueta, dającego dużą autonomię tzw. kościołowi gallikańskiemu. Z tym właśnie dokumentem musiało być zgodne nauczanie w seminariach, a podstawy gallikanizmu dawały również państwu możliwość sądzenia duchownych nie tylko za przestępstwa świeckie, ale także za sprzeniewierzanie się Deklaracji.

Konkordat roku 1801 obowiązywał formalnie do roku 1905 (choć Ludwik XVIII planował powrót do prokościelnego konkordatu Franciszka I z 1516, ale nic z tego nie wyszło), czyli do uchwalenia ustawy o całkowitym rozdziale państwa i kościołów. Stronnictwo antyklerykalne za III Republiki uważało go za całkiem dobre prawo, pozwalające sprawować państwową kontrolę nad związkami wyznaniowymi.